Isabella var gift med Kong John II af Castilla som sin anden kone. Hans første kone, Mary af Aragon, havde givet ham fire børn, men kun futuren, den fremtidige Henry IV af Castilla, havde overlevet. Henry var blevet tilsluttet Blanche II af Navarra i et ikke-opsummeret ægteskab i syv år og blev kaldt “El Impotente.”På grund af dette besluttede John at søge en anden kone, helst med en fransk prinsesse., Imidlertid, hans betroede rådgiver og ven Alvaro De Luna besluttede, at en portugisisk alliance var bedre politisk, og forhandlede en kamp med den meget yngre Isabella. De to blev gift den 22 juli 1447, da John var 42 og Isabella 19.
Konflikter med de LunaEdit
våbenskjold Isabella af Portugal som Dronning af Castilien.
de Luna havde domineret kongen siden han var ung og forventede uden tvivl, at dette ville fortsætte efter ægteskabet., De Luna forsøgte også at kontrollere den unge dronning, endda gå så langt som at forsøge at begrænse koblingerne mellem den amorøse konge og hans brud. Isabella tog undtagelse fra de lunas indflydelse på sin mand og forsøgte at overtale sin mand til at fjerne denne favorit.rygter om, at de Luna havde forsøgt at forgifte Isabella, og at han også havde forgiftet og myrdet hendes forgænger, Mary of Aragon, fortsætter stadig i dag. Isabella, der var opmærksom på dette, satte sig til opgaven med at overtale kongen til at acceptere at slippe af med de Luna.,
hun havde ringe succes indtil efter 1451 fødslen af sin datter og navnebror, der ville blive Isabella I fra Castilla. Dronningens indespærring var lang og vanskelig.
i 1453 fik de Luna adelsmand Alfonso prezre.de Vivero smidt ud af et vindue, da adelsmanden havde sidet mod konstabelen. Isabella brugte dette som løftestang, og overbeviste kongen om at få ham arresteret og forsøgt. Kong John gjorde, som hans kone bad, og De Luna blev henrettet.
døden af hans favorit bedrøvede kongen, og hans helbred begyndte at falde hurtigt., Den 15 November 1453, Isabella fødte en søn, Alfonso, og otte måneder senere, John var på sit dødsleje, udløber ved sidste den 20 Juli 1454. Henry IV, nyligt skilt fra Blanche, blev Konge.