I det første årti af Supreme Chancellor Palpatine ‘ s regel, Grev Dooku frem som lyset af den Separatistiske bevægelse, og at skabe systemer, at hans sag — om nogle planeter, som har en strategisk beliggenhed handel verden af Eriadu, modstod hans bønner. På Geonosis, han konspirerede med andre ledere til at konstruere en massiv droid hær, der ville overvælde Republikken. Han var overrasket over at finde, imidlertid, at Obi-Kenan Kenobi havde gjort sin vej til systemet, mens på mission., Når Jedi blev taget til fange, Dooku påstod, at han var glad for at møde ham, — som den tidligere Master Qui-Gon Jinn, Dooku havde kun hørt gode ting om Obi-Wan — og bad om hans hjælp. Årsagen til, at Dooku sluttede sig til separatisterne, sagde han, var, at han lærte en frygtelig sandhed: en Sith-Herre kaldet Darth Sidious kontrollerede Senatet. Med Obi-Oban ved hans side kunne de ødelægge Sith. “Jeg kommer aldrig med dig, Dooku,” sagde Jedi. Dooku forlod koldt Obi-.an i sin celle.,
senere planlagde Dooku og Geonosianerne at udføre Obi-.an, såvel som Anakin Sky .alker og Padm.Amidala, i deres massive arena. De tre stavede ud af dyrene løsrevet på dem, hvilket gav Jedi og deres nye klonhær tid til at iscenesætte et angreb. Således markerede starten på Klonkrigene, med begge sider lider store tab. i sit forsøg på at flygte kørte Dooku en speeder til en nærliggende hangar, men blev efterfulgt af Obi-.an og Anakin., Den separatistiske leder antændte et rødbladet lyssværd-bevis for, at han faktisk havde vendt Sith-og slog Anakin med et kraftigt skud af Force lightning. Arrogant og ivrig efter kamp, han spottede dem begge, i sidste ende sårede Obi-.an og afbrød Anakins højre arm. Klar til at afslutte Jedi, Dooku stoppede, da han hørte velkendte fodspor: Yoda var ankommet. Sith hævdede at være mere magtfuld end nogen Jedi, men Yoda absorberede let sit Force lightning-angreb. “Meget at lære, at du stadig har,” sagde han., Med det, de to kæmpede en rasende lyssværd duel, som endte med Dooku gøre en forhastet e .it. “Dette er kun begyndelsen,” advarede han. Den tidligere Jedi flygtede fra systemet og landede i en umarkeret bolig på Coruscant, mødt af den onde Darth Sidious. “Jeg har gode nyheder til dig, min Herre,” sagde han. “Krig er begyndt.”