den koloniale charter Savannah forbudt katolikker i at bosætte sig i byen. De engelske trustees frygtede, at katolikker ville være mere loyale over for de spanske myndigheder i Florida end til den engelske regering i Georgien, men dette forbud falmede kort efter den amerikanske Revolution. Kirkens menighed blev omorganiseret omkring 1796. Franske katolske emigranter oprettede den første kirke i 1799, efter at de flygtede fra Haiti efter slaveoprør, der begyndte på den caribiske ø i 1791., Det blev hovedkirken for gratis sorte fra Haiti i begyndelsen af det 19.århundrede. Byggeri begyndte på den nye katedral St. Johannes Døberen i 1859. Strukturen blev næsten ødelagt af brand i 1898, men gennem flittig indsats blev genopbygget af 1899. Katedralen Basilica of St. Johannes Døberen var den første bygning i Georgien bygget af mursten. Den er udstyret med 81 blyindfattede ruder, 16 gargoyles, er 214 meter høj med en taghøjde på 96 fødder, overtog 90,000 kobber søm og 45,000 skifer til at konstruere.,
menigheden byggede sin første kirke på Liberty s .uare i 1779 og i 1811, vælge et sted på Drayton og Perry gader for en større bygning. Biskop John England af bispedømmet Charleston, som omfattede Savannah, indviet den nye kirke 1.April 1839. Pave Pius IX, der er etableret Stift i Savannah i juli 1850, og menigheden begyndte at planlægge en ny katedral på Lafayette Square i 1870 under Savannah ‘ s fjerde Biskop, Den Rette Pastor Ignatius Persico., De fleste Pastor James Roosevelt Bayley, ærkebiskop i Baltimore, præsiderede ved indvielsen af den Neo-gotiske helligdom 30.April 1876. Teglstrukturen manglede imidlertid spir, som først blev tilføjet i 1896, da den også modtog en belægning af stuk og hvidvask.
den 6.februar 1898 fejede en brand bygningen og efterlod kun vægge og tårne, men menigheden genopbyggede hurtigt og var i stand til at fejre julemesse i det nye anlæg i 1899. Men igen var strukturen ikke komplet, og indretningen tog yderligere 13 år., Farvede glasvinduer blev installeret omkring 1904. Sognet foretog efterfølgende renoveringsprojekter i 1959-1965, der adresserede varme -, køle-og belysningssystemer og dekoration; 1984-1985, for at styrke strukturelle fundamenter og gennemføre ændringer foreslået af det andet Vatikankoncil og 1998-2000 for at installere nyt tagdækning og gendanne den originale indvendige farvepalet og dekorationer.
Pave Francis forhøjede kirkens status til mindre basilika i 2020.