Samaritanism platí, že vrchol Hory Gerizim je pravda umístění Boží Svaté Místo, na rozdíl od základního Kamene na Chrámové Hoře jako Judaismus učí. Samaritáni tak sledují svou historii jako samostatnou entitu od Židů zpět do doby Mojžíše, kde věří, že Joshua položil základ pro svůj chrám. Samaritánská historiografie sleduje rozkol samotného velekněze Eliho, který opustil Mojžíšův příbytek ve prospěch hory Gerizim po Joshuově smrti.,
Abu l-Fath, kteří ve 14. století napsal významnou práci o Samaritánovi, historie, komentáře na Samaritána původ takto:
příšerná občanská válka vypukla mezi Eli syn Yafni, linie Ithamare, a synové Pincus (Phinehas), protože Eli syn Yafni rozhodl uzurpovat Vysokého Kněžství z potomků Pincus. Obětoval oběti na kamenném oltáři. Bylo mu 50 let, obdařen bohatstvím a měl na starosti pokladnici dětí Izraele. …,
nabídl oběť na oltáři, ale bez soli, jako by byl nepozorný. Když se o tom dozvěděl velký velekněz Ozzi a zjistil, že oběť nebyla přijata, důkladně se ho zřekl; a je (dokonce) řekl, že ho pokáral.
poté on a skupina, která s ním sympatizovala, povstali ve vzpouře a najednou se on a jeho následovníci a jeho zvířata vydali na Shiloh. Izrael se tak rozdělil do frakcí. Poslal svým vůdcům, aby jim řekli: každý, kdo by chtěl vidět úžasné věci, ať přijde ke mně., Pak shromáždil velkou skupinu kolem sebe v Shiloh, a postavil chrám pro sebe tam; postavil místo jako Chrám (Na hoře Gerizim). Postavil oltář, aniž by vynechal žádný detail-to vše odpovídalo originálu, kousek po kousku.
v této době se děti Izraele rozdělily do tří frakcí. Věrná frakce na hoře Gerizim; kacířská frakce, která následovala falešné bohy; a frakce, která následovala Eliho syna Yafniho v Shiloh.,
Dále, Samaritán Kronika Adler, nebo Nová Kronika, věřil k byli složeny v 18. století s použitím dříve kroniky jako zdroje, uvádí:
A Děti Izraele v jeho dnech rozděleny do tří skupin. Jeden udělal podle ohavností Pohanů a sloužil jiným bohům, další následovaly Eli syn Yafni, i když mnoho z nich odvrátila se od něj poté, co byl odhalil jeho záměry; a třetí zůstal s veleknězem Uzzi ben Bukki, zvolené místo.,
tradiční Židovské vyprávění 2 Králové a Josephus, má to, že lid Izraele byly odstraněny král Asyřanů (Sargon II) Halah, Gozan na Řeky Khabur a do města Medes. Král Asyřanů, jsme pak řekl, pak přivedl lidi z Babylona, Kutha, Avah, Emath, a Sepharvaim usadit se v Samaří. Protože Bůh poslal mezi ně lvy, aby je zabil, poslal král Asyřanů jednoho z kněží z betelu, aby učil nové osadníky o Božích obřadech., Konečným výsledkem bylo, že noví osadníci uctívali boha země i své vlastní bohy ze zemí, ze kterých přišli.
Moderní genetické studie (2004) naznačují, že Samaritáni linie vystopovat zpět do společného předka s Židy v otcovsky-zdědil Židovskou vysokého kněžství (Cohanim) časově nejbližší období Asyrské dobytí království Izraele, a jsou pravděpodobně potomky historické Židovské obyvatelstvo, byť ojedinělé vzhledem k lidem je samotářský historie., To zpochybňuje, ne – li zcela vyvrací, tuto historickou teorii, že Samaritáni pocházejí z Asýrie.
Kromě toho, Dead Sea scroll 4Q372, které vypráví o naději, že severní kmeny se navrátí do země Joseph, poznamenává, že současné obyvatelé na severu jsou blázni, nepřítel lidu, ale neodkazuje výslovně na ně jako na cizince. Dále se říká, že tito lidé, Samaritáni, posmívali Jeruzalému a postavili chrám na vysokém místě (Gerizim), aby provokovali Izrael.,
Konflikty mezi Samaritány a Židy byly četné mezi koncem Asyrské diaspory a Bar Kokhba povstání. Židovská historiografie popisuje několik podnětů Samaritánského obyvatelstva proti Židům a znevažuje je a Ježíšovo podobenství o dobrém Samaritánovi také svědčí o konfliktu. Zničení Samaritánského chrámu hory Gerizim je připisováno veleknězi Johnu Hyrcanusovi.
Po neúspěšných vzpour, Mount Gerizim byl zasvěcen nový chrám, který byl nakonec znovu zničena během Samaritán povstání., Pronásledování samaritánů bylo běžné v následujících stoletích.