Globální Zarovnání
Globální zarovnání nástroje pro vytvoření end-to-end zarovnání sekvencí, které mají být vyrovnány.
jehla (EMBOSS)
EMBOSS jehla vytváří optimální globální zarovnání dvou sekvencí pomocí algoritmu Needleman-Wunsch.
launch Needle
Stretcher (EMBOSS)
EMBOSS Stretcher používá modifikaci algoritmu Needleman-Wunsch, který umožňuje globálně sladit větší sekvence.,
Launch Stretcher
Local Alignment
local alignment tools najděte jednu nebo více zarovnání popisující nejpodobnější oblast(oblasti) v sekvencích, které mají být zarovnány. Jsou mohou sladit proteinové a nukleotidové sekvence.
Water (EMBOSS)
EMBOSS Water používá algoritmus Smith-Waterman (upravený pro zvýšení rychlosti) pro výpočet lokálního zarovnání dvou sekvencí.
Launch Water
Matcher (EMBOSS)
EMBOSS Matcher identifikuje místní podobnosti mezi dvěma sekvencemi pomocí přísného algoritmu založeného na aplikaci LALIGN.,
Launch Matcher
LALIGN
LALIGN najde vnitřní duplikace výpočtem neprotínajících lokálních zarovnání proteinových nebo DNA sekvencí.
Launch LALIGN