Pokud je dítě diagnostikováno a léčeno během prvních několika měsíců života před vážnou infekcí, pak je dlouhodobá míra přežití více než 90%. Při včasné léčbě by většina dětí s SCID měla být schopna vyvinout vlastní pracovní imunitní systém. Nejlepší průběh léčby dítěte s SCID závisí na několika faktorech, včetně typu SCID, zdraví dítěte a doporučení lékaře.,
většina kojenců se SCID je léčena HSCT nebo transplantací kostní dřeně, což vede k novému imunitnímu systému, který je schopen bojovat proti infekci. V HSCT lékaři berou zdravé krvetvorné buňky, které se mohou od dárce vyvinout do zdravého imunitního systému a dát je do dítěte. Dárcovské buňky poskytují dítěti imunitní systém.
Další méně častou, ale slibnou možností léčby je genová terapie, která je v současné době v klinických studiích. V genové terapii lékaři extrahují vadné krvetvorné buňky dítěte, opravují vadu a opravují buňky zpět do dítěte., Opravené buňky poskytují dítěti funkční imunitní systém.
třetí léčba, enzymatická substituční terapie, může být použita pouze u dětí s ADA-SCID. V enzymové substituční terapie, chybějící enzym je pravidelně vstřikuje do dítěte s SCID zvýšit ADA enzymu. Výsledky jsou dočasné a trvale neopravují imunitní systém. Nakonec děti s ADA-SCID bude vyžadovat buď HSCT nebo genovou terapii pro dlouhodobé výsledky.,
před těmito léčbami zahájí dítě s SCID proces léčby užíváním antibiotik, antivirotik a antimykotik k odvrácení infekce. Dítě také dostane imunoglobulinovou terapii nebo Ig infuzi protilátek určených k posílení imunitního systému dítěte. Ig se získává prostřednictvím dárců lidské plazmy.