Prezident Konfederace
Dne 21. ledna 1861, 12 dní po Mississippi vystoupilo, Davis udělal pohybující projevu na rozloučenou v Senátu a výmluvně hájil za mír. Předtím, než on dosáhl jeho Brierfield plantáže, on byl pověřen generálmajor vedoucí Mississippi ozbrojených sil a připravit svou obranu, ale do dvou týdnů Konfederační Úmluvou v Montgomery, Alabama, si ho vybral jako prozatímní prezident Konfederace. Davise zpráva o jeho zvolení překvapila., Na rozdíl od mnoha jižních vůdců očekával válku a doufal, že se stane vrchním velitelem jižních armád. Ve svém inauguračním projevu dne 18. února 1861, Davis řekl, v části,
Encyclopædia Britannica, Inc.,
Karim Shamsi-Basha/Alabama Úřadu pro cestovní Ruch & Cestování
Jsem se vstoupit na povinnosti úřadu, do které jsem byl vybrán, s nadějí, že na začátku naší kariéry jako Konfederace, nemusí být stíněna nepřátelské opozici, aby náš požitek ze samostatné existenci a nezávislost jsme prosadily, a které, s požehnáním Providence, máme v úmyslu zachovat.
jeho prvním jednáním bylo vyslání mírové Komise do Washingtonu, D. C.,, aby se zabránilo ozbrojenému konfliktu. Lincoln odmítl vidět jeho vyslanci a další měsíc rozhodla poslat ozbrojené lodě do Charleston, Jižní Karolína, zásobovací sužované Unie posádku v Pevnosti Sumter. Davis neochotně nařídil bombardování pevnosti (duben 12-13), která znamenala začátek Americké Občanské Války. O dva dny později Lincoln vyzval 75 000 dobrovolníků, což byl krok, který přinesl odtržení Virginie a dalších tří států od Unie.,
Library of Congress, Washington, D. C. (reproduction no. LC-DIG-pga-01584)
Davis čelil hrozivé krizi. Prezident bez precedentu musel uprostřed války vytvořit zcela nový národ., S pouze jeden-čtvrtý bílé populace ze Severních států, s malou část na Severu je výrobní kapacity, a s nižší železnice, žádné námořnictvo, ne prášek mlýny, ne loděnice, a otřesné nedostatek zbraní a vybavení, na Jihu byl ve špatném stavu odolat invazi. Ale na Bull Run (Manassas, Virginie) 21.července 1861, Konfederace směrovala jednotky Unie. Mezitím, s provizorními materiály, Davis vytvořil továrny na výrobu prášku, dělo, boční zbraně, a quartermaster obchody., V obnovených námořních loděnicích byly postaveny dělové čluny, a Jižní nedostatečné železnice a kolejová vozidla byly opakovaně opravovány. Davis poslal agenty do Evropy na nákup zbraní a munice, a vyslal zástupce, aby se pokusili zajistit uznání z Anglie a Francie.
Davis se inspiroval volbou Roberta E. Leeho jako velitele armády severní Virginie v červnu 1862. Zatímco Davisův vojenský úsudek byl občas na vině, moudře dal Lee široký prostor pro vedení války v příštích třech letech., Možná, že Davis je nejzávažnější chybu jako velitel byl nadměrný význam byl připojen k obraně Confederate kapitál v Richmondu, Virginii, na úkor operace dál na západ, včetně obrany z klíčových Konfederační pevnosti v Vicksburg, Mississippi.
Davis měl nesčetné problémy během jeho předsednictví, včetně handrkování v Kongresu, disident, viceprezident, Alexander H. Stephens, a neustálé opozice extrémní států zastánci práv, jako je Severní Karolína., Zebulon Vance, který důrazně protestoval proti brannému zákonu, který v roce 1862 přijal kvůli velké opozici. Ale i přes postupně se zhoršující se vojenské situaci, nezapočítané vnitřní politické napětí, pokračující nedostatek pracovní síly a výzbroj, a raketovým tempem inflace, zůstal rezolutní v jeho odhodlání pokračovat v boji, a Lee zůstal i jeho nejcennější polní velitel a jeho nejvěrnější osobní zastánce., I během obléhání Petrohradu, když Lee armády byl znehybněn a hlad, Davis tvrdil, že publikum v Richmondu na 6. února:
Encyclopædia Britannica, Inc.
Pojďme tedy spojit naše ruce a naše srdce.,… Můžeme věřit, že než na nás padne další letní slunovrat, bude to nepřítel, kdo nás bude žádat o konference.