Isabella byla provdána za kastilského krále Jana II. Jeho první manželka, Marie Aragonská, mu dala čtyři děti, i když přežil jen jeden, budoucí Jindřich IV. z Kastilie. Henry byl spojen s Blanche II Navarre v nepřekonaném manželství po dobu sedmi let a byl nazýván „El Impotente.“Z tohoto důvodu se John rozhodl hledat jinou ženu, nejlépe s francouzskou princeznou., Jeho důvěryhodný poradce a přítel Alvaro de Luna se však rozhodl, že portugalská aliance je politicky lepší, a vyjednal zápas s mnohem mladší Isabellou. Oba byli oddáni 22. července 1447, když byl John 42 a Isabella 19.
Konflikt s de LunaEdit
erb Isabella Portugalska jako Královna Kastilie.
De Luna ovládal krále od jeho mládí a nepochybně očekával, že to bude pokračovat i po manželství., De Luna se také snažil ovládat mladou královnu, dokonce šel tak daleko, že se pokusil omezit spojení mezi milostným králem a jeho nevěstou. Isabella se zbavila de Luny vlivu na svého manžela a pokusila se přesvědčit svého manžela, aby odstranil tohoto favorita.
zvěsti, že se de Luna pokusila Isabellu otrávit a že také otrávil a zavraždil její předchůdkyni, Marii Aragonskou, přetrvávají dodnes. Isabella, která si toho byla vědoma, se postavila za úkol přesvědčit krále, aby souhlasil s tím, že se zbaví de Luny.,
měla malý úspěch až po narození své dcery a jmenovce z roku 1451, která se stala Isabellou i.z Kastilie. Královnino uvěznění bylo dlouhé a obtížné.
v roce 1453 nechal de Luna vyhodit šlechtice Alfonso Pérez de Vivero z okna, protože šlechtic se postavil proti konstáblu. Isabella to použila jako páku a přesvědčila krále, aby ho nechal zatknout a vyzkoušet. Král John udělal, co jeho žena požádala, a de Luna byl popraven.
smrt jeho oblíbeného zarmoutila krále a jeho zdraví začalo rychle klesat., Dne 15. listopadu 1453 porodila Isabella syna Alfonsa a o osm měsíců později byl John na smrtelné posteli a nakonec Vypršel 20. července 1454. Jindřich IV., nově rozvedený z Blanche, se stal králem.