V první dekádě Nejvyšší Kancléř Palpatine je pravidlo, Hrabě Dooku objevil jako tvář Separatistické hnutí, uzdravovat systémy pro svou věc-i když některé planety, jako je strategicky umístěn obchodu svět Eriadu, odolávala jeho prosbám. Na Geonosis se spikl s dalšími vůdci, aby vybudoval masivní droidskou armádu, která by přemohla republiku. Byl však překvapen, když zjistil, že Obi-Wan Kenobi se během mise dostal do systému., Jakmile byl Jedi zajat, Dooku tvrdil, že je rád, že se s ním setkal – jako bývalý mistr Qui-Gon Jinn, Dooku slyšel jen dobré věci o Obi-Wan – a požádal o pomoc. Důvodem, proč se Dooku připojil k separatistům, bylo podle něj to, že se dozvěděl hroznou pravdu: senát ovládl Sithský Pán Darth Sidious. S Obi-Wanem po jeho boku by mohli zničit Sith. „Nikdy se k tobě nepřipojím, Dooku,“ řekl Jedi. Dooku chladně nechal Obi-Wan ve své cele.,
Později, Dooku a Geonosiany plánuje spustit Obi-Wan, stejně jako Anakin Skywalker a Padmé Amidala, v jejich masivní arény. Ti tři se však na ně vrhli, což dalo Jediovi a jejich nové klonové armádě čas na útok. To znamenalo začátek Klonových válek, přičemž obě strany utrpěly těžké ztráty.
ve své snaze uniknout, Dooku jel speeder do nedalekého hangáru, ale následoval Obi-Wan a Anakin., Vůdce separatistů zapálil červený světelný meč-důkaz, že ve skutečnosti obrátil Sitha – a zasáhl Anakina silným výstřelem silového blesku. Arogantní a dychtivý po boji, posmíval se jim oběma, nakonec zranil Obi-Wan a oddělil Anakinovu pravou ruku. Připraveni dokončit Jedi, Dooku se zastavil, když uslyšel známé kroky: Yoda dorazil. Sith tvrdil, že je silnější než kterýkoli Jedi, ale Yoda snadno absorboval jeho sílu bleskový útok. „Hodně se naučit, že stále máte,“ řekl., S tím oba bojovali zuřivý souboj světelného meče, který skončil tím, že Dooku udělal spěšný odchod. „To je jen začátek,“ varoval. Bývalý Jedi uprchl ze systému a přistál v neoznačeném obydlí na Coruscantu, pozdravil zlý Darth Sidious. „Mám pro vás dobrou zprávu, můj pane,“ řekl. „Válka začala.”