a carta colonial de Savana proibiu os católicos romanos de se fixarem na cidade. Os administradores ingleses temiam que os católicos fossem mais leais às autoridades espanholas na Flórida do que ao governo inglês na Geórgia, no entanto esta proibição desapareceu pouco depois da Revolução Americana. A congregação da igreja foi reorganizada por volta de 1796. Emigrados católicos franceses estabeleceram a primeira igreja em 1799 depois que eles fugiram do Haiti após rebeliões de escravos que começaram na ilha caribenha em 1791., Tornou-se a principal igreja para negros livres do Haiti no início do século XIX. A construção começou na nova Catedral de São João Batista em 1859. A estrutura foi quase destruída pelo fogo em 1898, mas através de um esforço diligente foi reconstruída em 1899. A Basílica da Catedral de São João Batista foi o primeiro edifício na Geórgia construído de tijolo. Possui 81 vitrais, 16 gárgulas, tem 214 pés de altura, com uma altura de telhado de 96 pés, tomou mais de 90.000 unhas de cobre e 45.000 slates para construir.,a congregação construiu sua primeira igreja na Praça da Liberdade em 1779 e em 1811, escolheu um local nas ruas Drayton e Perry para um edifício maior. O bispo John England da Diocese de Charleston, que abrangia Savannah, consagrou a nova igreja em 1 de abril de 1839. O Papa Pio IX estabeleceu a Diocese de Savannah em julho de 1850 e a congregação começou a planejar uma nova catedral na Praça Lafayette em 1870 sob o quarto Bispo de Savannah, o Reverendo Ignatius Persico., O Reverendo James Roosevelt Bayley, Arcebispo de Baltimore, presidiu à dedicação do Santuário neogótico em 30 de abril de 1876. No entanto, a estrutura de tijolo não tinha pináculos que não foram adicionados até 1896, quando também recebeu um revestimento de estuque e branqueamento.em 6 de fevereiro de 1898, um incêndio varreu o edifício e deixou apenas as paredes e torres, no entanto a congregação rapidamente reconstruiu e foi capaz de celebrar a Missa de Natal nas novas instalações em 1899. Mas, novamente, a estrutura não estava completa e decoração interior levou mais 13 anos., Vitrais foram instalados por volta de 1904. A paróquia empreendeu projetos de renovação subsequentes em 1959-1965, que abordaram sistemas de aquecimento, refrigeração e iluminação e decoração; 1984-1985, para reforçar as fundações estruturais e implementar mudanças sugeridas pelo Concílio Vaticano II e 1998-2000 para instalar novos telhados, e restaurar a paleta de cores interiores originais e decorações.o Papa Francisco elevou o estatuto da igreja à Basílica Menor em 2020.